Muziejuje aplinkosauginiai ir tiriamieji darbai vykdomi nuo pat muziejaus įkūrimo ir yra viena iš prioritetinių veiklos sričių.
2000–2020 metais buvo vykdomas 21 aplinkosauginis – tiriamasis projektas. Dauguma iš jų yra tęstiniai. Didžioji atliekamų darbų dalis susijusi su saugomomis vabzdžių, paukščių ir žinduolių rūšimis, jų gausumo dinamikos, paplitimo tyrimais.
Paruošti bakalaurų, magistrų, mokslo daktarų darbai. Tyrimų duomenys publikuoti 81 moksliniame leidinyje: straipsniuose, knygose.
Bendradarbiaujama su įvairiomis mokslo, mokymo ir aplinkosaugos institucijomis.