Juodasis gandras – retas, į Lietuvos Respublikos saugomų gyvūnų, augalų ir grybų sąrašą įtrauktas, paukštis, kuris vengia žmogaus kaimynystės ir peri atokiau miškuose. Lietuvoje juodojo gandro populiacija – 480–720 porų. Pastaruosius du dešimtmečius stebimas populiacijos mažėjimas.
Šio paukščio populiacijos stabilumui grėsmę kelia miškų kirtimai, mitybinės bazės skurdinimas, pavojai tykantys migracijos keliuose ir žiemojimo vietose. Juodasis gandras jautriai reaguoja į žmonių lankymąsi netoli lizdaviečių veisimosi laiku.
Svarbu saugoti šių paukščių lizdavietes, įrengti dirbtinius lizdus, išsaugoti bioįvairovę, užtikrinti, kad gyvūnai nebūtų trikdomi, išvaikomi iš jau egzistuojančių savo perėjimo vietų.
