Muziejus įsteigtas 1919 m. liepos 15 d. kartu su Gamtos tyrimo stotimi Kaune, Vilniaus gatvėje. Jo pradžią sudarė stoties vadovui Tadui Ivanauskui priklausiusi zoologinė kolekcija, atgabenta iš Lydos krašto, bajorų Ivanauskų Lebiodkos dvaro. Po keleto metų Gamtos tyrimo stotis perduota į besikuriantį universitetą, tapo Zoologijos ir lyginamosios anatomijos katedra. Muziejus atliko studentų mokymo priemonės ir mokslinių kolekcijų kaupyklos funkcijas. 1929 m. perkeltas į naujas patalpas K. Donelaičio gatvėje, kur galėjo įrengti ekspoziciją, prieinamą visuomenei. Per pirmąją sovietinę okupaciją 1940 m. Zoologijos ir lyginamosios anatomijos katedra perkelta į Vilniaus universitetą, o gamtos muziejus liko Kaune. 1945 m. muziejaus valdytoju tapo Lietuvos TSR mokslų akademijos Biologijos institutas. Taip atsirado savarankiška įstaiga – Kauno zoologijos muziejus. 1948 m. jis buvo perkeltas į buvusias banko patalpas Laisvės al. 106, kur yra iki šiol. 1963 m. muziejus perduotas Gamtos apsaugos komitetui prie LTSR Ministrų Tarybos ir šioje jurisdikcijoje išliko per visą sudėtingą šios institucijos raidą iki Lietuvos Respublikos aplinkos ministerijos. 1975–82 m. rekonstruotas muziejaus pastatas ir įrengta nauja ekspozicija. 1970 m. suteiktas įkūrėjo ir ilgamečio koordinatoriaus Tado Ivanausko vardas.
Išsamiai muziejaus istorija aprašyta knygoje Gaidienė E. Kauno Tado Ivanausko zoologijos muziejus. 1999. Kaunas.
Tadas Ivanauskas gimė 1882 m. gruodžio 16 d. Lebiodkos dvare, Lydos apskrityje (dabar Baltarusija) bajorų Leonardo Ivanausko ir Jadvygos Reichel šeimoje. Tėvo pomėgių paveiktas nuo vaikystės susidomėjo gamta, išmoko medžioti, preparuoti gyvūnus ir gaminti iškamšas, sudarinėti zoologinius ir botaninius rinkinius. 1901 m. baigė Varšuvos gimnaziją, 1903 m. – Peterburgo 10-ąją berniukų gimnaziją. 1903–1910 m. studijavo gamtos mokslus Peterburgo ir Paryžiaus Sorbonos universitetuose ir gavo šių universitetų diplomus.
1910 m. Peterburge įkūrė (ir vadovavo iki 1915 m.) Gamtos mokslų vaizdinių priemonių laboratoriją „Zootom“. Gamino zoologijos, botanikos, anatomijos, mineralogijos preparatus. 1914 m. ir 1917 m. medžiagos preparatams ruošti vyko Šiaurę (Murmaną, Šiaurės Norvegiją, Archangelską).
1916–1918 m. dirbo Žemės ūkio ministerijoje Peterburge. 1918 m. grįžo į Lietuvą ir kartu su žmona Honorata Musteikos k. netoli Varėnos įsteigė lietuvišką mokyklą ir joje mokytojavo.
1920 m. kartu su kitais įkūrė Aukštuosius kursus, vienas iš lektorių bei Gamtos skyriaus vedėjas (iki 1922 m.), vienas iš Lietuvos universiteto kūrėjų. 1922–1940 m. šio universiteto Matematikos – gamtos fakulteto profesorius, Zoologijos ir lyginamosios anatomijos (nuo 1929 m. Zoologijos katedros) vedėjas.
1928–1939 m. Alytaus aukštesniosios miškų mokyklos dėstytojas. 1929 m. suorganizavo pirmąją kailinių žvėrelių augintojų akcinę bendrovę ir įkūrė kailinių žvėrelių fermą Obelynėje, netoli Kauno. 1929 m. Ventės rage (Šilutės rajonas) įkūrė ornitologinę stotį. 1937 m. su kitais įsteigė Žuvinto rezervatą. 1938 m. įsteigto Kauno zoologijos sodo vienas įkūrėjų. 1940–1941 m. ir 1944–1956 m. Vilniaus universiteto profesorius, Zoologijos katedros vedėjas, 1942–1944 m. Vilniaus universiteto Miškų mokslų fakulteto profesorius. 1943–1944 m. Vilniaus vidurinės miškų mokyklos dėstytojas.
1945–1950 m. Lietuvos MA Biologijos instituto direktorius. 1949–1951 m. Lietuvos žemės ūkio akademijos Miškų apsaugos katedros (vėliau Miškininkystės katedra) profesorius; 1952–1954 m. šios katedros vedėjas. 1954–1965 m. Kauno medicinos instituto profesorius, Bendrosios biologijos katedros vedėjas. 1956–1964 m. Vilniaus universiteto Zoologijos katedros profesorius. 1965–1970 m. Kauno medicinos instituto Bendrosios biologijos katedros profesorius.
1922 m. T. Ivanauskui suteiktas profesoriaus pedagoginis mokslo vardas, 1922 m. Padujos (Italija) universiteto Garbės daktaro laipsnis. 1940 m. suteiktas gamtos mokslų daktaro laipsnis, o 1941 m. išrinktas Lietuvos MA tikruoju nariu. 1945 m. T. Ivanauskui suteiktas Lietuvos nusipelniusio mokslo veikėjo vardas. 1971 m. Tado Ivanausko vardu pavadintas Kauno zoologijos muziejus.
Mirė 1970 m. birželio 1 d. Kaune, palaidotas Tabariškių kapinėse.
Pagal straipsnį knygoje – T. Arnastauskienė, A. Jakimavičius. Lietuvos zoologai XVII–XX a. Vilnius, 1997, p. 108–111.
